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    掃描電子偏光顯微鏡在生物學方面也廣為應用。近十年來國際國內都召開掃描電鏡的學術會議，這方面的報告和論文也越來越多，下面略舉一些有關生物學方面的例子。我國學者時病原生物蚊、蠅體表作了掃描電鏡觀察和報道，對蚊蟲鱗片、蠅類的觸角、復眼、足都作了細致分析。國外對昆蟲的表面結構也進行了不少工作。以家蠶為例，從產卵后由卵開始一直觀察到成蟲的每一個發育階段，有人寫了一本專著，附有照片180幅，形態圖60幅，可供研究昆蟲的學者們參考。在植物學方面，對草本植物的掃描電鏡觀察也寫出了專著，對植物組織表面結構觀察的文獻報道也不少。

    在動物學方面，如用掃描電鏡觀察變溫動物色素細胞的形態和色素，看到脊椎動物鳉魚的色素細胞，中心部膨隆呈丘形，樹狀突起非常細。看到蛤蛛小腸枯膜面，上皮細胞及腺體開口部及其所分泌的粘液狀態以及與細胞界一致的微絨毛密集排成不整的塊狀。猴子腎臟腎小球在去掉球囊后，毛細血管卷曲呈球形，繼續提高放大倍數時，可看到它的毛細血管外壁足細胞的復雜齒狀細胞突起。脾臟內靜脈竇、竇的內腔及竇壁上的孔隙雖然在以往的組織學上也描述過，但這些結構的立體圖像在掃描電鏡下十分清晰。這一工作也是在常用的實驗動物家兔的脾臟進行的。它的氣管上皮在掃描電鏡下纖毛呈細桿狀。而大鼠淋巴結的淋巴竇確似洞狀，內有細胞突起呈絲狀懸垂，其中淋巴細胞呈立體球形，填滿其中。在眼組織方面，用掃描電鏡研究了貓眼的組織和視網膜的立體結構。腆腺外分泌部的腺胞細胞，在光學顯微鏡下看不媽核表面上有許多核孔，而在掃描電鏡下看得十分清楚。

    在方法學上，用大鼠肝分離的肝細胞，其線粒體，如經0. 25M蔗糖液分離后，一般來說在掃描電鏡下呈球形，用0.32M蔗糖液分離后，不單純呈球形，其表面有一個很深的孔，類似梨狀，一部分呈桿狀。在0.44M蔗糖液分離后則線粒體呈U字形，看來線粒體的形態與分離時所用溶液的濃度有關。在研究生殖生理方面，對哺乳動物精子的形態學研究發生了興趣，曾用牛、豬、兔、小鼠、豚鼠、猴和鯨魚的精子在掃描電鏡下分別加以觀察，看到了每種動物精子的立體像。

    尤其鯨目在哺乳類中是非常特殊的一群，其精子也是極特殊的，其頭在偶蹄類前半部是膨大的，而在鯨魚類的精子則成了它的后半部，頸部也變細而且長，尾部粗而短，與其它哺乳類的精子形態呈鮮明的對比。在卵子方面.對家兔卵子進行體外受精處理，卵從排卵后數小時，有數層的粒膜細胞包田，在細胞表面用掃描電鏡看到了無數精子，有的附著，有的已侵入卵的內部。在大鼠受梢后約2一4小時的卵子，用酶處理后，粒膜細胞及透明層被除掉.露出細胞質，還可以看到第一極體，細胞表面有微絨毛。大鼠卵子在細胞期，透明層同樣用酶處理后，可見細胞表面之微絨毛。掃描電鏡也進入研究癌癥領域，對Ehrlich腹水癌細胞進行了觀察，看到癌細胞表面的微絨毛，對人的子宮頸癌，從異型上皮細胞至上皮內癌的移行過程中，人們用光學顯微鏡和掃描電鏡作了一系列對比觀察，看到了正常扁平細胞上皮、圓柱上皮、異型上皮、上皮內癌與擴散筋的表面立體像，并說明每種像是有差異的。

    近年來，我國學者對人的胃癌也進行了掃描電鏡觀察，指出它的發生、發展以及它與其它胃粘膜的畸變和病變的關系。有的論文也提到對人的頭發以及動物毛的若干有趣研究。由于掃描電鏡焦點深，它對各種問題的處理也是一個有用的工具。譬如毛料制品或毛料衣類突然出現一些小洞洞，是由于機械損傷還是化學藥品使用不當，抑是蟲咬的小洞。三者在掃描電鏡下所造成的痕跡各有不同。在紡織工業上，也可以幫助鑒定其破損的原因。對毛皮獸毛的質量鑒定也更有用。掃描電子偏光顯微鏡用于生物學的研究方面日益廣泛，’發展十分迅速。