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    巖石在整個成巖過程中經歷了一系列的復雜地質事件，原來的結構幾經改造，如華北奧陶系的結晶灰巖，在陰極發光顯徽鏡下顯示出巖石原來雜亂的結構。

    瀝青巖在陰極發光偏光顯微鏡下可以顯示出大量方解石的晶體，揭示出原來方解石晶體被后來的瀝青所掩蓋的真相。

    晶粒結構的灰巖中方解石晶體接觸非常緊密，見不到縫隙。在陰極發光偏光顯微鏡下則可見到沿晶間縫中有新的組合加人。方解石晶體發光極暗，沿晶體的晶間縫明顯可見到桔紅色的方解石細線。

    在砂巖中也可見到類似情況，在膠結物全部填滿孔隙的砂巖中，不見孔隙和裂縫，碎屑順粒與膠結物之間接觸緊密。在陰極發光偏光顯微鏡下可以看到穎粒與膠結物之間的另外物質。