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　　掃描電子顯微鏡問世以來，其應用范圍從采礦、冶金、考古等方面開展研究工作以來，迅速擴展到動物、植物、微生物以及農業領域。其范圍將越來越廣，從基礎理論到生產實踐，回答的問題也越來越深刻，對指導生產的重要性也將越來越明顯，其作用遠遠超過迄今較高級的光學顯徽鏡。
　　從當前的農業科學研究來看，主要是應用掃描電子顯微鏡研究動物、植物、微生物、昆蟲等不同組織和微小器官的表面形態及內部結構，從而加深理解它們在生理機能上的作用，探索有機體的生活規律。
　　例如在動物方面，對家畜各種組織的結構和病變的觀察，對患貧血病家畜的血球形態變化，以及淋巴等游離細胞變化的觀察，將為提高對家畜病害的診斷和防治水平提供依據，)在昆蟲方面主要是提高對其微小器官的辨別能力，提高分類的水平，同時更進一步弄清其器官的作用，對研究對象將能更清楚的了解。
　　在植物方面，研究農作物的花粉、果皮、種皮等表面的花紋，以及葉子表皮結構等特征，這在分類學上具有重耍的意義。此外，用X線分析，可以判斷植物體內元素的分布和施肥的關系，并能判斷對土壤中有毒物質，施用農藥，污水灌概，植物體內殘留的有害物質等對植物生理機能的影響。
　　在微生物方面，對研究真菌、放線菌、細菌的分類、辨別科屬、判斷病源等將起較大的作用。尤其對病菌的活動，抱子發芽，侵入寄主等，用掃描電子顯微鏡觀察均能獲得進一步的結果。
　　總之，開展以上這些工作，對我國農業科學理論和實踐會有較大提高。