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    電子偏光顯微鏡像的判斷并不簡單，當電子線打在樣品上。

    由于構成樣品的元素使電子散射，聚焦后成像，樣品具有一定厚度。其中存在的元素也較為散亂，因而引起干涉像。生物樣品多半先是用樹脂包埋，然后切片觀察。

    這些步驟對真實結構不能沒有影響。例如以前是用甲基丙烯酸醋系樹脂包埋，即或不染色，在良好聚焦時也可以觀察。換成環氧樹脂包埋后，必須用電子染色方可觀察。但是用Vestopal W包埋的樣品就是不染色也可以觀察。環氧樹脂經燒卻后灰化不染色，一般聚焦也可以觀察。下面介紹一些應該注意的問題。

    電鏡照片像與切片的關系

    圖18是最常見的電鏡像，也是人們在判斷上容易產生問題的地方，(1),(2)容易判斷，在(3),(4)的情況下正確辨認就很不容易。用樣品傾斜副件使樣品傾斜后觀察結構形態的位置，由于傾斜度的關系而呈(2), (3)的樣子。總之，還可以與正確的圖像近似，根據經驗可以判斷是折斷、縱斷還是橫斷。但是，有時必須借助于傾斜副件如(4)中的有粒內質網和核膜以及有窗毛細血管壁，它們的切面和原來結構不相同。

    一般在電鏡像的情況下，由于此切片的厚度焦點深度深，在一張切片像中并不因上下焦點的不同而摻合在一起，而在偏光顯微鏡上用厚的超薄切片染色后即或用相差偏光顯微鏡觀察，其焦點也會重合或摻合，這是眾所周知的。
    立體觀察

    進行立體觀察時，將樣品或照射系統左右稍微傾斜后照兩張像，印出像片，用立體鏡觀察。此種方法尤其在超高壓電鏡下，可以用較厚切片，使立體感更強。圖18中1及2的問題如要更好地解決，有時還須借助于掃描電子偏光顯微鏡和冰凍蝕刻的技術或負染色法等。